在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
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演员：小野坂昌也,青木沙耶香,吉野裕行,宫本充,小林沙苗,藤原启治,阪口大助,小林优,森田成一,广桥凉,千叶进步,太田哲治,有本钦隆,菅生隆之,中田和宏,伊藤美纪,后藤沙绪里,神田朱未,子安武人,三宅健太,山口胜平,大林隆介,若本规夫,井上麻里奈,羽多野涉,伊丸冈笃,永泽菜教,平野俊隆,古泽彻,楠大典,斋藤千和,伊藤静,神奈延年,大畑伸太郎,高垣彩阳,斧笃,长克巳,塚田正昭,速水奖,河本邦弘,浪川大辅,成田剑,小伏伸之,西村知道,杉田智和
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